Материалы:NC 002655

Вы находитесь в Инкубаторе

Это исходный материал (как правило загружен ботом)

Эта статья — часть материалов: лаборатории Биоинформатика, исследовательского проекта «Геном прокариот»

   LOCUS       NC_002655            5528445 bp    DNA     circular BCT 14-SEP-2007
   DEFINITION  Escherichia coli O157:H7 EDL933, complete genome.
   ACCESSION   NC_002655
   VERSION     NC_002655.2  GI:16445223
   KEYWORDS    .
   SOURCE      Escherichia coli O157:H7 EDL933
     ORGANISM  Escherichia coli O157:H7 EDL933
               Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales;
               Enterobacteriaceae; Escherichia.
   REFERENCE   1  (bases 1 to 5528445)
     AUTHORS   Perna,N.T., Plunkett,G.III, Burland,V., Mau,B., Glasner,J.D.,
               Rose,D.J., Mayhew,G.F., Evans,P.S., Gregor,J., Kirkpatrick,H.A.,
               Posfai,G., Hackett,J., Klink,S., Boutin,A., Shao,Y., Miller,L.,
               Grotbeck,E.J., Davis,N.W., Lim,A., Dimalanta,E., Potamousis,K.,
               Apodaca,J., Anantharaman,T.S., Lin,J., Yen,G., Schwartz,D.C.,
               Welch,R.A. and Blattner,F.R.
     TITLE     Genome sequence of enterohaemorrhagic Escherichia coli O157:H7
     JOURNAL   Nature 409 (6819), 529-533 (2001)
      PUBMED   11206551
   REFERENCE   2  (bases 1 to 5528445)
     CONSRTM   NCBI Genome Project
     TITLE     Direct Submission
     JOURNAL   Submitted (28-SEP-2001) National Center for Biotechnology
               Information, NIH, Bethesda, MD 20894, USA
   REFERENCE   3  (bases 1 to 5528445)
     AUTHORS   Perna,N.T., Plunkett,G.III, Burland,V., Mau,B., Glasner,J.D.,
               Rose,D.J., Mayhew,G.F., Evans,P.S., Gregor,J., Kirkpatrick,H.A.,
               Posfai,G., Hackett,J., Klink,S., Boutin,A., Shao,Y., Miller,L.,
               Grotbeck,E.J., Davis,N.W., Lim,A., Dimalanta,E., Potamousis,K.,
               Apodaca,J., Anantharaman,T.S., Lin,J., Yen,G., Schwartz,D.C.,
               Welch,R.A. and Blattner,F.R.
     TITLE     Direct Submission
     JOURNAL   Submitted (22-OCT-2000) Laboratory of Genetics, University of
               Wisconsin, 445 Henry Mall, Madison, WI 53706, USA
   COMMENT     PROVISIONAL REFSEQ: This record has not yet been subject to final
               NCBI review. The reference sequence was derived from AE005174.
               On Oct 26, 2001 this sequence version replaced gi:15799680.
               COMPLETENESS: full length.

Расположение РНК

Начало	Конец	Направление	Длина	PID	Ген	COG	Комментарий
227103	228644	+	1542	16445223	Z0213	-	16S ribosomal RNA
228713	228789	+	77	16445223	Z0217	-	^{14 Ile tRNA}
228832	228907	+	76	16445223	Z0218	-	^{02 Ala tRNA}
229091	231993	+	2903	16445223	Z0219	-	23S ribosomal RNA
232086	232205	+	120	16445223	Z0226	-	5S ribosomal RNA
232258	232334	+	77	16445223	Z0228	-	^{06 Asp tRNA}
240482	240558	+	77	16445223	Z0242	-	^{06 Asp tRNA}
299983	300058	+	76	16445223	Z0305	-	^{12 Thr tRNA}
402035	402115	+	81	16445223	Z0422	-	Xaa tRNA
542492	542629	+	138	16445223	Z0567	-	4.5S RNA; component of ribonucleoprotein
656876	656952	+	77	16445223	Z0695	-	^{11 Arg tRNA}
776372	776446	-	75	16445223	Z0813	-	^{05 Gln tRNA}
776484	776558	-	75	16445223	Z0814	-	^{05 Gln tRNA}
776607	776683	-	77	16445223	Z0815	-	^{16 Met tRNA}
776699	776773	-	75	16445223	Z0816	-	^{05 Gln tRNA}
776808	776882	-	75	16445223	Z0817	-	^{05 Gln tRNA}
776906	776990	-	85	16445223	Z0819	-	^{15 Leu tRNA}
777001	777077	-	77	16445223	Z0820	-	^{16 Met tRNA}
866633	866708	+	76	16445223	Z0911	-	^{10 Lys tRNA}
866744	866819	+	76	16445223	Z0912	-	^{13 Val tRNA}
866822	866897	+	76	16445223	Z0913	-	^{10 Lys tRNA}
866949	867024	+	76	16445223	Z0914	-	^{13 Val tRNA}
867028	867103	+	76	16445223	Z0915	-	^{10 Lys tRNA}
867250	867325	+	76	16445223	Z0917	-	^{10 Lys tRNA}
1146184	1146271	-	88	16445223	Z1227	-	^{08 Ser tRNA}
1254955	1255006	-	52	16445223	Z1327	-	RNA similar to DicF encoded within cryptic prophage CP-933M
1295563	1295650	-	88	16445223	Z1388	-	^{08 Ser tRNA}
1351948	1352023	+	76	16445223	Z1461	-	^{14 Ile tRNA}
1352033	1352109	+	77	16445223	Z1462	-	^{11 Arg tRNA}
1352123	1352199	+	77	16445223	Z1463	-	^{11 Arg tRNA}
1541790	1541877	-	88	16445223	Z1665	-	^{08 Ser tRNA}
1640997	1641072	+	76	16445223	Z1790	-	^{14 Ile tRNA}
1641170	1641246	+	77	16445223	Z1792	-	^{11 Arg tRNA}
1824225	1824309	-	85	16445223	Z2006	-	^{18 Tyr tRNA}
1824519	1824603	-	85	16445223	Z2007	-	^{18 Tyr tRNA}
1865882	1865957	+	76	16445223	Z2061	-	^{14 Ile tRNA}
1866038	1866114	+	77	16445223	Z2062	-	^{11 Arg tRNA}
2146344	2146420	-	77	16445223	Z2380	-	^{11 Arg tRNA}
2146521	2146596	-	76	16445223	Z2381	-	^{14 Ile tRNA}
2315774	2315847	-	74	16445223	Z6057	-	^{11 Arg tRNA}
2315864	2315937	-	74	16445223	Z6058	-	^{11 Arg tRNA}
2315948	2316020	-	73	16445223	Z6059	-	^{14 Ile tRNA}
2325955	2326007	+	53	16445223	Z6077	-	putative RNA identical to DicF encoded within cryptic prophage CP-933P
2421342	2421418	+	77	16445223	Z2692	-	^{13 Val tRNA}
2421423	2421499	+	77	16445223	Z2693	-	^{13 Val tRNA}
2689298	2689384	-	87	16445223	Z2997	-	^{15 Leu tRNA}
2689397	2689470	-	74	16445223	Z2998	-	^{19 Cys tRNA}
2689524	2689599	-	76	16445223	Z2999	-	^{01 Gly tRNA}
2724987	2725081	-	95	16445223	Z3044	-	anti-sense RNA silencer of rcsA gene
2774120	2774196	-	77	16445223	Z3110	-	^{11 Arg tRNA}
2774210	2774286	-	77	16445223	Z3112	-	^{11 Arg tRNA}
2774294	2774369	-	76	16445223	Z3113	-	^{14 Ile tRNA}
2788401	2788490	-	90	16445223	Z3131	-	^{08 Ser tRNA}
2789482	2789557	+	76	16445223	Z3133	-	^{07 Asn tRNA}
2803862	2803937	-	76	16445223	Z3141	-	^{07 Asn tRNA}
2805686	2805761	+	76	16445223	Z3145	-	^{07 Asn tRNA}
2808094	2808169	+	76	16445223	Z3149	-	^{07 Asn tRNA}
3092410	3092486	+	77	16445223	Z3448	-	^{03 Pro tRNA}
3262864	3262938	+	75	16445223	Z3612	-	^{11 Arg tRNA}
3314784	3314859	-	76	16445223	Z3661	-	^{02 Ala tRNA}
3319306	3319381	+	76	16445223	Z3667	-	^{13 Val tRNA}
3319426	3319501	+	76	16445223	Z3668	-	^{13 Val tRNA}
3319548	3319623	+	76	16445223	Z3669	-	^{13 Val tRNA}
3319628	3319703	+	76	16445223	Z3670	-	^{10 Lys tRNA}
3516104	3516223	-	120	16445223	Z3874	-	5S ribosomal RNA
3516316	3519223	-	2908	16445223	Z3875	-	23S ribosomal RNA
3519417	3519492	-	76	16445223	Z3881	-	^{04 Glu tRNA}
3519578	3521124	-	1547	16445223	Z3882	-	16S ribosomal RNA
3545346	3545811	+	466	16445223	Z3914	-	10Sa RNA (tmRNA); tags incomplete translation products for degradation
3575237	3575312	-	76	16445223	Z3952	-	^{14 Ile tRNA}
3609232	3609308	-	77	16445223	Z3992	-	^{11 Arg tRNA}
3609411	3609487	-	77	16445223	Z3993	-	^{11 Arg tRNA}
3609550	3609626	-	77	16445223	Z3995	-	^{11 Arg tRNA}
3609691	3609767	-	77	16445223	Z3996	-	^{11 Arg tRNA}
3609771	3609864	-	94	16445223	Z3997	-	^{08 Ser tRNA}
3737085	3737161	+	77	16445223	Z4131	-	^{16 Met tRNA}
3737195	3737271	+	77	16445223	Z4132	-	^{16 Met tRNA}
3737305	3737381	+	77	16445223	Z4133	-	^{16 Met tRNA}
3804619	3804692	-	74	16445223	Z4202	-	^{01 Gly tRNA}
3860419	3860602	+	184	16445223	Z4248	-	6S RNA
3919272	3919347	+	76	16445223	Z4312	-	^{17 Phe tRNA}
3955129	3955204	+	76			-	^{16 Met tRNA Добавленно}
4022444	4022519	+	76	16445223	Z4422	-	^{16 Met tRNA Неверная идентификация}
4076667	4077043	-	377	16445223	Z4475	-	RNase P, RNA component; M1 RNA; processes tRNA,
4127927	4128003	-	77	16445223	Z4532	-	^{16 Met tRNA}
4131786	4131872	-	87	16445223	Z4536	-	^{15 Leu tRNA}
4225646	4225765	-	120	16445223	Z4633	-	5S ribosomal RNA
4225803	4225878	-	76	16445223	Z4635	-	^{12 Thr tRNA}
4225891	4226010	-	120	16445223	Z4636	-	5S ribosomal RNA
4226104	4229009	-	2906	16445223	Z4637	-	23S ribosomal RNA
4229193	4229268	-	76	16445223	Z4643	-	^{02 Ala tRNA}
4229311	4229387	-	77	16445223	Z4644	-	^{14 Ile tRNA}
4229456	4230997	-	1542	16445223	Z4645	-	16S ribosomal RNA
4517666	4517742	-	77	16445223	Z4963	-	^{03 Pro tRNA}
4649752	4649842	+	91	16445223	Z5086	-	Sec tRNA
4804233	4805773	+	1541	16445223	Z5259	-	16S ribosomal RNA
4805859	4805934	+	76	16445223	Z5263	-	^{04 Glu tRNA}
4806128	4809032	+	2905	16445223	Z5264	-	23S ribosomal RNA
4809125	4809244	+	120	16445223	Z5271	-	5S ribosomal RNA
4809297	4809373	+	77	16445223	Z5273	-	^{06 Asp tRNA}
4809382	4809457	+	76	16445223	Z5274	-	^{20 Trp tRNA}
4844766	4844842	+	77	16445223	Z5308	-	^{11 Arg tRNA}
4844900	4844976	+	77	16445223	Z5310	-	^{09 His tRNA}
4844997	4845083	+	87	16445223	Z5311	-	^{15 Leu tRNA}
4845126	4845202	+	77	16445223	Z5312	-	^{03 Pro tRNA}
4900418	4901959	+	1542	16445223	Z5373	-	16S ribosomal RNA
4902028	4902104	+	77	16445223	Z5377	-	^{14 Ile tRNA}
4902147	4902222	+	76	16445223	Z5378	-	^{02 Ala tRNA}
4902406	4905310	+	2905	16445223	Z5379	-	23S ribosomal RNA
4905403	4905522	+	120	16445223	Z5386	-	5S ribosomal RNA
4914616	4914724	+	109	16445223	Z5399	-	spot 42 RNA, inhibition of DNA synthesis
5044690	5046231	+	1542	16445223	Z5529	-	16S ribosomal RNA
5046317	5046392	+	76	16445223	Z5533	-	^{04 Glu tRNA}
5046586	5049490	+	2905	16445223	Z5534	-	23S ribosomal RNA
5049583	5049702	+	120	16445223	Z5541	-	5S ribosomal RNA
5053151	5053226	+	76	16445223	Z5548	-	^{12 Thr tRNA}
5053235	5053319	+	85	16445223	Z5550	-	^{18 Tyr tRNA}
5053436	5053510	+	75	16445223	Z5551	-	^{01 Gly tRNA}
5053517	5053592	+	76	16445223	Z5552	-	^{12 Thr tRNA}
5085699	5087240	+	1542	16445223	Z5585	-	16S ribosomal RNA
5087326	5087401	+	76	16445223	Z5588	-	^{04 Glu tRNA}
5087595	5090497	+	2903	16445223	Z5589	-	23S ribosomal RNA
5090590	5090709	+	120	16445223	Z5596	-	5S ribosomal RNA
5246987	5247062	-	76	16445223	Z5738	-	^{17 Phe tRNA}
5276070	5276145	+	76	16445223	Z5770	-	^{01 Gly tRNA}
5276182	5276257	+	76	16445223	Z5771	-	^{01 Gly tRNA}
5276293	5276368	+	76	16445223	Z5772	-	^{01 Gly tRNA}
5377002	5377086	+	85	16445223	Z5877	-	^{15 Leu tRNA}
5494433	5494519	-	87	16445223	Z5971	-	^{15 Leu tRNA}