Материалы:NC 002947

Вы находитесь в Инкубаторе

Это исходный материал (как правило загружен ботом)

Эта статья — часть материалов: лаборатории Биоинформатика, исследовательского проекта «Геном прокариот»

   LOCUS       NC_002947            6181863 bp    DNA     circular BCT 17-AUG-2006
   DEFINITION  Pseudomonas putida KT2440, complete genome.
   ACCESSION   NC_002947
   VERSION     NC_002947.3  GI:26986745
   KEYWORDS    .
   SOURCE      Pseudomonas putida KT2440
     ORGANISM  Pseudomonas putida KT2440
               Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Pseudomonadales;
               Pseudomonadaceae; Pseudomonas.
   REFERENCE   1  (bases 1 to 6181863)
     AUTHORS   Nelson,K., Paulsen,I., Weinel,C., Dodson,R., Hilbert,H., Fouts,D.,
               Gill,S., Pop,M., Martins Dos Santos,V., Holmes,M., Brinkac,L.,
               Beanan,M., DeBoy,R., Daugherty,S., Kolonay,J., Madupu,R.,
               Nelson,W., White,O., Peterson,J., Khouri,H., Hance,I., Lee,P.,
               Holtzapple,E., Scanlan,D., Tran,K., Moazzez,A., Utterback,T.,
               Rizzo,M., Lee,K., Kosack,D., Moestl,D., Wedler,H., Lauber,J.,
               Hoheisel,J., Straetz,M., Heim,S., Kiewitz,C., Eisen,J., Timmis,K.,
               Duesterhoft,A., Tummler,B. and Fraser,C.
     TITLE     Complete genome sequence and comparative analysis of the
               metabolically versatile Pseudomonas putida KT2440
     JOURNAL   Environ. Microbiol. 4 (12), 799-808 (2002)
      PUBMED   12534463
   REFERENCE   2  (bases 1 to 6181863)
     AUTHORS   Nelson,K., Paulsen,I., Weinel,C., Dodson,R., Hilbert,H., Fouts,D.,
               Gill,S., Pop,M., Martins Dos Santos,V., Holmes,M., Brinkac,L.,
               Beanan,M., DeBoy,R., Daugherty,S., Kolonay,J., Madupu,R.,
               Nelson,W., White,O., Peterson,J., Khouri,H., Hance,I., Lee,P.,
               Holtzapple,E., Scanlan,D., Tran,K., Moazzez,A., Utterback,T.,
               Rizzo,M., Lee,K., Kosack,D., Moestl,D., Wedler,H., Lauber,J.,
               Hoheisel,J., Straetz,M., Heim,S., Kiewitz,C., Eisen,J., Timmis,K.,
               Duesterhoft,A., Tummler,B. and Fraser,C.
     TITLE     Direct Submission
     JOURNAL   Submitted (05-NOV-2002) The Institute for Genomic Research, 9712
               Medical Center Dr, Rockville, MD 20850, USA
   REFERENCE   3  (bases 1 to 6181863)
     CONSRTM   NCBI Genome Project
     TITLE     Direct Submission
     JOURNAL   Submitted (08-APR-2002) National Center for Biotechnology
               Information, NIH, Bethesda, MD 20894, USA
   COMMENT     PROVISIONAL REFSEQ: This record has not yet been subject to final
               NCBI review. The reference sequence was derived from AE015451.
               On Dec 16, 2002 this sequence version replaced gi:21264309.
               COMPLETENESS: full length.

Расположение РНК

Начало	Конец	Направление	Длина	PID	Ген	COG	Комментарий
171387	172904	+	1518	26986745	PP_16SA	-	16S ribosomal RNA
173201	176102	+	2902	26986745	PP_23SA	-	23S ribosomal RNA
176235	176354	+	120	26986745	PP_5SA	-	5S ribosomal RNA
176817	178334	+	1518	26986745	PP_16SB	-	16S ribosomal RNA
178631	181532	+	2902	26986745	PP_23SB	-	23S ribosomal RNA
181665	181784	+	120	26986745	PP_r01	-	5S ribosomal RNA
181890	182009	+	120	26986745	PP_5SB	-	5S ribosomal RNA
255281	255354	-	74	26986745	PP_t01	-	^{11 Arg tRNA}
334974	335046	-	73	26986745	PP_t02	-	^{12 Thr tRNA}
344101	344173	-	73	26986745	PP_t03	-	^{17 Phe tRNA}
467122	467195	-	74	26986745	PP_t04	-	^{16 Met tRNA}
524947	526464	+	1518	26986745	PP_16SC	-	16S ribosomal RNA
526761	529662	+	2902	26986745	PP_23SC	-	23S ribosomal RNA
529782	529901	+	120	26986745	PP_5SC	-	5S ribosomal RNA
532369	532449	+	81	26986745	PP_t05	-	^{18 Tyr tRNA}
532477	532547	+	71	26986745	PP_t06	-	^{01 Gly tRNA}
532580	532652	+	73	26986745	PP_t07	-	^{12 Thr tRNA}
533982	534054	+	73	26986745	PP_t08	-	^{20 Trp tRNA}
697822	699339	+	1518	26986745	PP_16SD	-	16S ribosomal RNA
699429	699502	+	74	26986745	PP_t09	-	^{14 Ile tRNA}
699530	699602	+	73	26986745	PP_t10	-	^{02 Ala tRNA}
699849	702750	+	2902	26986745	PP_23SD	-	23S ribosomal RNA
702882	703001	+	120	26986745	PP_5SD	-	5S ribosomal RNA
733386	733458	+	73	26986745	PP_t11	-	^{07 Asn tRNA}
733466	733539	+	74	26986745	PP_t12	-	^{03 Pro tRNA}
733549	733621	+	73	26986745	PP_t13	-	^{10 Lys tRNA}
733671	733744	+	74	26986745	PP_t14	-	^{03 Pro tRNA}
733753	733825	+	73	26986745	PP_t15	-	^{10 Lys tRNA}
741323	741395	+	73	26986745	PP_t16	-	^{12 Thr tRNA}
813225	813298	-	74	26986745	PP_t17	-	^{16 Met tRNA}
839747	839818	-	72	26986745	PP_t18	-	^{05 Gln tRNA}
968899	968980	-	82	26986745	PP_t19	-	^{15 Leu tRNA}
1325501	1327018	+	1518	26986745	PP_16SE	-	16S ribosomal RNA
1327315	1330216	+	2902	26986745	PP_23SE	-	23S ribosomal RNA
1330348	1330467	+	120	26986745	PP_5SE	-	5S ribosomal RNA
1380537	1380610	-	74	26986745	PP_t20	-	^{16 Met tRNA}
1380748	1380821	-	74	26986745	PP_t21	-	^{16 Met tRNA}
1380959	1381032	-	74	26986745	PP_t22	-	^{16 Met tRNA}
1402404	1402476	+	73	26986745	PP_t23	-	^{10 Lys tRNA}
1418342	1418428	+	87	26986745	PP_t24	-
1606460	1606530	-	71	26986745	PP_t25	-	^{01 Gly tRNA}
1898426	1898498	+	73	26986745	PP_t26	-	^{13 Val tRNA}
1898515	1898588	+	74	26986745	PP_t27	-	^{06 Asp tRNA}
1898762	1898834	+	73	26986745	PP_t28	-	^{13 Val tRNA}
1898851	1898924	+	74	26986745	PP_t29	-	^{06 Asp tRNA}
2069061	2069147	+	87	26986745	PP_t30	-	^{08 Ser tRNA}
2102637	2102709	+	73	26986745	PP_t31	-	^{04 Glu tRNA}
2102715	2102787	+	73	26986745	PP_t32	-	^{01 Gly tRNA}
2102883	2102955	+	73	26986745	PP_t33	-	^{04 Glu tRNA}
2102962	2103034	+	73	26986745	PP_t34	-	^{01 Gly tRNA}
2103123	2103195	+	73	26986745	PP_t35	-	^{01 Gly tRNA}
2233271	2233343	-	73	26986745	PP_t36	-	^{07 Asn tRNA}
2241531	2241603	+	73	26986745	PP_t37	-	^{02 Ala tRNA}
2241679	2241751	+	73	26986745	PP_t38	-	^{04 Glu tRNA}
2241806	2241878	+	73	26986745	PP_t39	-	^{02 Ala tRNA}
2241924	2241996	+	73	26986745	PP_t40	-	^{04 Glu tRNA}
2242061	2242133	+	73	26986745	PP_t41	-	^{02 Ala tRNA}
2242179	2242251	+	73	26986745	PP_t42	-	^{04 Glu tRNA}
2271396	2271468	+	73	26986745	PP_t43	-	^{13 Val tRNA}
2271537	2271610	+	74	26986745	PP_t44	-	^{06 Asp tRNA}
2271713	2271786	+	74	26986745	PP_t45	-	^{06 Asp tRNA}
2271931	2272004	+	74	26986745	PP_t46	-	^{06 Asp tRNA}
2420624	2420697	-	74	26986745	PP_t47	-	^{03 Pro tRNA}
2548687	2550204	+	1518	26986745	PP_16SF	-	16S ribosomal RNA
2550294	2550367	+	74	26986745	PP_t48	-	^{14 Ile tRNA}
2550395	2550467	+	73	26986745	PP_t49	-	^{02 Ala tRNA}
2550714	2553615	+	2902	26986745	PP_23SF	-	23S ribosomal RNA
2553747	2553866	+	120	26986745	PP_5SF	-	5S ribosomal RNA
2585761	2585834	+	74	26986745	PP_t50	-	^{11 Arg tRNA}
2585879	2585951	+	73	26986745	PP_t51	-	^{09 His tRNA}
2586007	2586088	+	82	26986745	PP_t52	-	^{15 Leu tRNA}
2626119	2626191	+	73	26986745	PP_t53	-	^{09 His tRNA}
2685139	2685210	+	72	26986745	PP_t54	-	^{05 Gln tRNA}
2796488	2796561	+	74	26986745	PP_t55	-	^{13 Val tRNA}
2796737	2796810	+	74	26986745	PP_t56	-	^{13 Val tRNA}
2817001	2817074	+	74	26986745	PP_t57	-	^{03 Pro tRNA}
4361679	4361760	+	82	26986745	PP_t58	-	^{15 Leu tRNA}
4427519	4427589	-	71	26986745	PP_t59	-	^{19 Cys tRNA}
4501318	4501402	-	85	26986745	PP_t60	-	^{08 Ser tRNA}
4632553	4632625	-	73	26986745	PP_t61	-	^{01 Gly tRNA}
5075554	5075625	-	72	26986745	PP_t62	-	^{11 Arg tRNA}
5075760	5075828	-	69	26986745	PP_t63	-	^{11 Arg tRNA}
5079153	5079226	-	74	26986745	PP_t64	-	^{11 Arg tRNA}
5079303	5079376	-	74	26986745	PP_t65	-	^{11 Arg tRNA}
5079454	5079527	-	74	26986745	PP_t66	-	^{11 Arg tRNA}
5079602	5079675	-	74	26986745	PP_t67	-	^{11 Arg tRNA}
5079785	5079872	-	88	26986745	PP_t68	-	^{08 Ser tRNA}
5307435	5307554	-	120	26986745	PP_5SG	-	5S ribosomal RNA
5307686	5310587	-	2902	26986745	PP_23SG	-	23S ribosomal RNA
5310825	5310897	-	73	26986745	PP_t69	-	^{02 Ala tRNA}
5310997	5311070	-	74	26986745	PP_t70	-	^{14 Ile tRNA}
5311162	5312679	-	1518	26986745	PP_16SG	-	16S ribosomal RNA
5360918	5360991	-	74	26986745	PP_t71	-	^{16 Met tRNA}
5361095	5361177	-	83	26986745	PP_t72	-	^{15 Leu tRNA}
5549323	5549406	+	84	26986745	PP_t73	-	^{15 Leu tRNA}
5549498	5549581	+	84	26986745	PP_t74	-	^{15 Leu tRNA}